协议离职后仍可申请劳动仲裁。1.若协议存在显失公平、重大误解等可撤销情形,劳动者可在知道或应当知道撤销事由之日起一年内申请仲裁,请求撤销该协议。依据是《民法典》第一百四十七条至第一百五十一条关于可撤销民事法律行为的规定。2.若用人单位未按协议约定履行义务,如未支付足额经济补偿等,劳动者可就该争议申请劳动仲裁。《劳动争议调解仲裁法》第二条规定,因履行劳动合同发生的争议属于劳动仲裁受案范围。3.若协议中约定的事项侵犯劳动者合法权益,如排除劳动者的法定权利等,该约定可能无效,劳动者可通过劳动仲裁主张权利。4.申请劳动仲裁需注意时效问题,一般劳动争议申请仲裁的时效期间为一年,从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。总之,协议离职不影响劳动者通过劳动仲裁维护自身合法权益,关键在于是否存在符合仲裁受理条件的争议事项。
以上是律师的法律建议,如有疑问,欢迎进一步咨询。