公司应当如何正式适用竞业限制协议，保护公司商业秘密呢？

公司可以参照以下方法正式适用竞业限制协议：
1、保守商业秘密是劳动者应履行的法定义务；
保护自身商业秘密是用人单位的法定权利之一，任何知晓用人单位商业秘密的人员，在未获得用人单位同意前，都不应当向外泄漏商业秘密。保守用人单位商业秘密是劳动者应尽的法定义务，不受时间、地域和范围的限制，且不以用人单位支付保密费为前提和对价。但是，如果用人单位没有采取有效的保密措施，有关技术信息或经营信息可能无法被认定为商业秘密，员工则无需承担保密义务。
2、企业应当对商业秘密采取有效的保密措施；
企业的商业秘密属于企业重要的无形资产，有时甚至属于企业的核心竞争力。但是商业秘密在法律意义上需要具备三类，即秘密性、价值性、保密性，企业不能仅仅以签署保密协议作为采取保密措施的唯一方式，而是需要采取更加具体有效的保密措施，才能更好地认定及保护商业秘密。
3、企业应当与特定岗位人员签订竞业限制协议。
根据法律规定，应负竞业限制义务的主体仅包括高级管理人员、高级技术人员或负有保密义务的人员，因此，企业不应不加区分与全部员工签署，而对于签署三类人员的认定，一般可以从劳动合同、公司管理制度、岗位设置权限、经营管理权限等方面进行判断；对于负有保密义务的人员，可根据该员工在企业内能否接触到企业核心商业机密、技术来判断。

风险提示：竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。
在解除或者终止劳动合同后，上述规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。