在实践中常常存在员工紧急离职的情况，那么在此种情况下用人单位扣工资是否合法?员工主动离职应当提前30日通知单位，办理交接，单位应当为员工办理离职手续。但如果员工没有提前通知，单位也不能因此扣发员工工资。
原劳动部在《违反<劳动法>有关劳动合同规定的赔偿办法》中明确规定了赔偿的范围：“劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位下列损失：
1、用人单位招收录用其所支付的费用;
2、用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理;
3、对生产、经营和工作造成的直接经济损失;
4、劳动合同约定的其他赔偿费用。”
所以员工紧急离职不应该扣工资，但是员工应该对此造成的损失负赔偿责任。
法律依据：
《违反<劳动法>有关劳动合同规定的赔偿办法》第四条
劳动者违反规定或劳动合同的约定解除劳动合同，对用人单位造成损失的，劳动者应赔偿用人单位下列损失：
(一)用人单位招收录用其所支付的费用;
(二)用人单位为其支付的培训费用，双方另有约定的按约定办理;
(三)对生产、经营和工作造成的直接经济损失;
(四)劳动合同约定的其他赔偿费用。