员工因为工伤认定和单位出现纠纷是可以申请劳动仲裁的，主要是在员工无法证明与用人单位存在劳动关系时会出现纠纷。
根据《工伤保险条例》第十八条规定， 提出工伤认定申请应当提交下列材料：
(一)工伤认定申请表;
(二)与用人单位存在劳动关系(包括事实劳动关系)的证明材料;
(三)医疗诊断证明或者职业病诊断证明书(或者职业病诊断鉴定书)。
依据《劳动争议调解仲裁法》第二条规定， 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
因此当员工申请工伤认定，但又无法证明与用人单位存在劳动关系而用人单位又否认与员工存在劳动关系时，可以申请仲裁。
建议员工要跟公司签订劳动合同，保存厂牌以及工资条等证据。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。