工资扣税是按照应发工资计算。应发工资是指劳动者在正常出勤情况下,用人单位应当向其支付的工资总额,包括基本工资、奖金、津贴、补贴等。个人所得税的计算基数通常是应发工资扣除法定扣除项目后的余额,即应纳税所得额。实发工资是指劳动者实际到手的工资数额,是在应发工资的基础上,扣除了个人所得税、社保费、公积金等各项费用后的金额。例如,月应发工资为10000元,扣除5000元的基本减除费用、社保公积金等专项扣除1000元以及专项附加扣除2000元后,应纳税所得额为2000元,按照相应税率计算缴纳个人所得税。之后,从10000元中扣除税款等各项费用后得到的才是实发工资。
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