员工擅自离职,单位不发工资是不合法的。首先,工资是员工付出劳动应得的报酬。员工擅自离职虽违反了劳动合同约定,但不能成为单位不发工资的理由。其次,根据相关法律规定,用人单位应按照劳动合同约定和国家规定,及时足额向劳动者支付劳动报酬。即使员工离职存在过错,单位也应依法核算并支付其实际工作期间的工资。再者,单位可通过合法途径解决员工擅自离职问题,如按照规章制度处理、要求赔偿损失等,但不能以不发工资的方式来应对。总之,员工擅自离职,单位不发工资的行为侵犯了员工获得劳动报酬的权利,是违法的。员工可与单位协商解决,协商不成可通过劳动仲裁等法律途径维护自身权益。
以上是律师的法律建议,如有疑问,欢迎进一步咨询。