应纳税额=(工资薪金所得 -“五险一金”-扣除数)×适用税率-速算扣除数；个税起征点是5000，使用超额累进税率的计算方法如下：缴税=全月应纳税所得额*税率-速算扣除数 实发工资=应发工资-四金-缴税；全月应纳税所得额=(应发工资-四金)-5000；扣除标准：个税按50000元/月的起征标准算。
法律依据:
《中华人民共和国个人所得税法》第三条
个人所得税的税率：
(一)工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之五至百分之四十五（税率表附后）。
(二)个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）。
(三)稿酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十，并按应纳税额减征百分之三十。
(四)劳务报酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十。对劳务报酬所得一次收入畸高的，可以实行加成征收，具体办法由国务院规定。
(五)特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和其他所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
《中华人民共和国个人所得税法》第六条
应纳税所得额的计算：
(一)工资、薪金所得，以每月收入额减除费用八百元后的余额，为应纳税所得额。
(二)个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
(三)对企事业单位的承包经营、承租经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除必要费用后的余额，为应纳税所得额。
(四)劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得、财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。