农民工工资保证金由建设单位交纳。
农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的一定比例向银行专户存储的工资专项资金。可见，农民工工资保证金由建设单位缴纳。
法律依据:
《农民工工资保证金管理暂行办法》
第十条 建筑施工单位按下列标准预存农民工工资保证金：
(一)工程合同价款在100(不含100万)万元以下的，按工程合同价款的5%预存;工程合同价款在100万以上至200万元的(含100万元)，按工程合同价款的4%预存;工程合同价款在200万元至500(含200万)万元的，按工程合同价款的3%预存;工程合同价款在500万元以上的(含500万)，按工程合同价款的2%预存。
《农民工工资保证金管理暂行办法》第十条建筑施工单位按下列标准预存农民工工资保证金：
(一)工程合同价款在100(不含100万)万元以下的，按工程合同价款的5%预存;工程合同价款在100万以上至200万元的(含100万元)，按工程合同价款的4%预存;工程合同价款在200万元至500(含200万)万元的，按工程合同价款的3%预存;工程合同价款在500万元以上的(含500万)，按工程合同价款的2%预存;
(二)上年未完工的在建工程，建筑施工企业按剩余施施工量和相应比例补存工资保证金;
(三)包工不包料的工程按工程合同价款的8%预存。
二、第十三条已存入工资保证金的建筑施工企业，确因资金周转困难无法按时支付农民工工资，劳动保障行政部门可动用该企业的工资保证金支付，建筑施工企业应在动用之日起10日内按动用金额的200%补存。
三、第十四条建筑施工企业不按时支付农民工工资、数额超过专户存储工资保证金数额，劳动保障行政部门可动用该企业的工资保证金支付，并会同建设、公安等行政部门强制企业补足差额部分。建筑施工企业应在动用之日起10日内按动用金额的200%补存工资保证金。四、农民工工资保证金是由建设单位向银行专户存储的工资专项资金。具体交纳比例根据工程合同价款的不同也有所不同，主要有2%、3%、4%、5%这四种。
五、农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的一定比例向银行专户存储的工资专项资金。保证金根据省、市、县各级项目审批权限实行层级监管，并实行专户存储、专项支取，任何单位和个人不得挪用。