按规定，国家机关和事业单位工作人员被羁押期间停发工资。除此之外，对于其他员工，涉嫌犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，公司在员工被限制人身自由期间内，可以暂停继续履行劳动合同，其中包括按时发放工资。
其次，员工被停发工资之后，后又被宣判无罪的根据不同对象处理如下：
根据劳动部《关于贯彻执行中华人民共和国劳动法若干问题的意见的通知》(劳部发〔1995〕309号)第28条规定，劳动者涉嫌违法犯罪被有关机关收容审查、拘留或逮捕的，用人单位在劳动者被限制人身自由期间，可与其暂时停止劳动合同的履行。暂时停止履行劳动合同期间，用人单位不承担劳动合同规定的相应义务。劳动者经证明被错误限制人身自由的，暂时停止履行劳动合同期间劳动者的损失，可由其依据《国家赔偿法》要求有关部门赔偿。