老板不能随意克扣因自动离职员工的工资。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。自动离职并不必然等同于给单位造成经济损失，若员工没有给单位造成损失，单位以自动离职为由克扣工资是违法的。劳动者可与单位协商解决，要求足额支付工资；协商不成的，可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护自身权益。
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