1. 首先孩子抚养权分配原则是有利于孩子成长。两周岁以下的子女一般随母方生活。但母方有下列情形之一的可随父方生活:患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病子女不宜与其共同生活的;有抚养条件不尽抚养义务而父方要求子女随其生活的;因其他原因子女确无法随母方生活的。对两周岁以上未成年的子女父方和母方均要求随其生活一方有下列情形之一的可予优先考虑:已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;子女随其生活时间较长改变生活环境对子女健康成长明显不利的;无其他子女而另一方有其他子女的;子女随其生活对子女成长有利而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病或者有其他不利于子女身心健康的情形不宜与子女共同生活的。2. 其次协议离婚时双方可协商两个孩子的抚养权归属。可以一方抚养一个孩子。也可以根据双方具体情况协商确定两个孩子都由一方抚养另一方支付抚养费。抚养费的数额可根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定。3. 再者协商不成时可向法院起诉。法院会综合各种因素按照上述有利于孩子成长的原则进行判决。法院判决后不直接抚养孩子的一方要按照判决支付抚养费并且享有探视孩子的权利。探视的方式、时间等也可由双方协商协商不成由法院判决。总之协议离婚分配两个孩子抚养权时先双方协商遵循有利于孩子成长原则协商不成可诉至法院由法院判决。
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