开除员工并扣工资是否合法需视具体情况而定。若员工存在严重违反用人单位规章制度等过错行为用人单位依据合法有效的规章制度解除劳动合同且规章制度中有关于扣工资的合理规定那么扣工资可能合法。例如员工因严重失职给单位造成重大损害单位可按规定扣减工资。但如果员工不存在过错用人单位随意开除并扣工资则不合法。根据《劳动合同法》第三十九条规定劳动者有严重违反用人单位的规章制度等情形的用人单位可以解除劳动合同；若不符合该条规定用人单位属于违法解除且无故扣工资也侵害了劳动者获得劳动报酬的权利。劳动者可通过劳动仲裁等方式维护自身权益。
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