1. 主体不同：劳动合同主体是用人单位和劳动者且用人单位多为企业等；聘用协议主体通常是事业单位与受聘人员。2. 适用法律不同：劳动合同受《劳动合同法》规范；聘用协议受人事方面法律法规调整如《事业单位人事管理条例》。3. 性质不同：劳动合同是确立劳动关系的协议；聘用协议是确立人事关系的协议。4. 内容不同：劳动合同侧重于劳动报酬、工作时间等劳动权利义务；聘用协议会涉及岗位设置、职称评定等事业单位特有的人事内容。5. 争议解决方式不同：劳动合同争议多通过劳动仲裁和民事诉讼解决；聘用协议争议一般先经人事争议仲裁对结果不服部分情况可提起行政诉讼。
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