合同纠纷，是指因合同的生效、解释、履行、变更、终止等行为而引起的合同当事人的所有争议。合同纠纷的解决方式有协商、调解、仲裁、诉讼。那么合同纠纷由哪个部门进行调解呢？
调解有两种方式：
一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。
二是行政调解。主要指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。申请行政调解的纠纷必须具备以下条件：申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人，有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据;符合工商行政管理机关受案范围的规定。但已经向人民法院起诉的或者已经向仲裁机构申请裁的。从及一方要求调解另一方不同意调解的，调解申请不于受理。双方当事人接受调解达成协议的，应当制作调解协议书，当事人即应当按照调解协议书履行各自的义务。由于调解协议书不具有法律强制力，一方当事人不履行的，对方当事人不能就此请求人民法院强制执行，但可以采取其他方式来解决争议。
综上，合同纠纷由人民调解委员会或工商行政管理机关进行调解。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第一百二十八条 【合同争议的解决】当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。?当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。