合同纠纷可以通过调解的方式来解决，双方当事人自愿在第三方的主持下，在查明事实、分清是非的基础上，对纠纷双方当事人进行说明劝导，促使他们互谅互让，达成和解协议，从而解决纠纷，那么合同纠纷是由哪一个部门调解呢？
合同纠纷调解的部门，根据调解类型的不同而不同：
第一，行政调解，是指根据一方或双方当事人的申请，当事人双方在其上级业务主管部门主持下，通过说服教育，自愿达成协议.从而解决纠纷的一种方式。这种解决方式中，调解的部门是双方当事人的上级业务主管部门。
第二，仲裁调解，仲裁是指合同当事人在发生纠纷时，依照合同中的仲裁条款或者事先达成的仲裁协议，向仲裁机构提出申请，在仲裁机构主持下，根据自愿协商，互谅互让的原则，解决纠纷的方式。这种解决方式中，调解的部门是仲裁机构。
第三，法院调解，又称为诉讼中的调解，是指在人民法院的主持下，双方当事人平等协商，达成协议，经人民法院认可后，终结诉讼程序的活动。合同纠纷起诉到人民法院之后，在审理中,法院首先要进行调解。用调解的方式解决合同纠纷，是人民法院处理合同纠纷的重要方法。所以，这种方式中的调解部门是法院。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第九条：
人民法院审理民事案件，应当根据自愿和合法的原则进行调解；调解不成的，应当及时判决。