1、小产权房交易是违法的，是国家和法律禁止的，所以得不到法律的保护。
2、因违法，所以就存在被拆除或没收，并得不到有效补偿的风险存在。
3、违约或一房多卖或房子的其他权利瑕疵等情况容易发生。因小产权房买卖是非法的，所以当一方反悔时，就可以主张合同无效;而又因小产权房没有有效登记，所以第三方根本无法查到买卖情况或是房子的权益状态，所以容易一房多卖或者其他权利瑕疵;
4、转让手续虽然简单，但是毕竟违法，也造成了再转让困难，而且升值的空间也不大;
5、房子寿命风险。虽说中国的商品房寿命不怎么样，但从总体平均上来看，相对于小产权房还是好一些，毕竟一般建小产权房的都是些不合法的开发公司，而且如有质量问题也得不到售后服务。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定