《民诉法》规定建设工程合同纠纷属于专属管辖的范围。根据《民事诉讼法》规定，因不动产纠纷提起的诉讼适用专属管辖，当事人在约定管辖、提起管辖权异议的时候都不能违反级别管辖和专属管辖的有关规定。因此，建设工程施工合同纠纷当事人，只能由不动产所在地即建设工程所在地法院管辖案件，不能约定其他法院管辖。专属管辖是法院管辖独有的制度，仲裁没有专属管辖。
由此可见，专属管辖是针对法院的管辖权而言的，即属于专属管辖的案件只能由特定的人民法院管辖，其他法院无权管辖，但是，专属管辖不得对抗仲裁，即当事人可以选择由仲裁机构仲裁解决纠纷。此外，涉外民事诉讼中的专属管辖同样如此，当事人可以选择仲裁，而且可以选择我国的仲裁机构，也可以选择外国的仲裁机构。
因此，当事人可以在建设工程合同中约定仲裁，不违反《民事诉讼法》的规定。建设施工双方签订建设工程施工合同时有权约定除建设工程所在地法院之外的法院管辖。但双方可协商约定仲裁，比如“某某仲裁委员会”，但是仲裁和诉讼两者只能选择其一。

法律依据：
《民事诉讼法》第三十三条
下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖:
(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖;
(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖;
(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国《民事诉讼法》>的解释》第二十八条
《民事诉讼法》第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。