公司制定薪酬体系时，最低工资是否含社保费和公积金

这应当区别对待。
劳动部于1993年11月24日公布并实施的《企业最低工资规定》的附件《最低工资率测算方法》规定，“确定最低工资一般考虑城市居民生活费用支出、平均工资、劳动生产率、失业率、经济发展水平等因素”。其没有将职工个人缴纳社会保险费作为确定最低工资的参考因素。
但《关于最低工资问题的复函》(劳社厅函〔2001〕241号)规定，按照建立企业最低工资保障制度的原则，为保障职工基本生活和保证社会保险费征缴工作顺利进行，在各地制定和调整最低工资标准时，应考虑职工个人缴纳社会保险费因素。故2001年之前的最低工资未包括劳动者个人应缴纳的社会保险费，之后的最低工资中包括了劳动者个人应缴纳的社会保险费。
在2004年3月1日实施的《最低工资规定》的附件《最低工资标准测算方法》将职工个人缴纳社会保险费作为确定最低工资标准的参考因素，《最低工资规定》在不作为最低工资组成部分的内容中不包括劳动者保险这一项，所以劳动者社会保险是最低工资的组成部分，劳动者个人应缴纳的社会保险费是计入最低工资的。

风险提示：社保费包含养老保险、医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险五种，是企业法定的义务，也是强制性规定。公积金是指住房公积金，职工个人缴存的住房公积金和职工所在单位为职工缴存的住房公积金，属于职工个人所有。