在很多的劳动工资纠纷中，对于单位是否已经支付工资由谁来承担举证责任双方常常会争执不下。但是，根据我国的有关司法解释，是否已经支付工资的举证责任应该由用人单位来承担。
我国《工资支付暂行规定》规定：用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。这就是说，用人单位应当保留向劳动者支付工资的资料至少要达到两年。而《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》规定：有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。所以，对是否支付(加班)工资的劳动争议应该由用人单位承担举证责任。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。 当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。 人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。