区别有：
1、贷款利率。二套房贷款的贷款利率是比首套房的贷款利率高不少的。就公积金贷款而言，二套房贷款的贷款利率，是要在首套房公积金贷款利率的基准上，上幅10%。其他商业贷款的二套房贷款利率，要以各商业银行规定为准，但总体来说，都是比较高的，例如目前大部分银行首套房贷款利率是基准利率甚至在北上广深等一线城市首套利率还上浮，而二套房贷款利率是基准利率上浮10%-25%，其中的差距可想而知。
2、贷款额度。二套房贷款的贷款额度比首套房的贷款额度低很多。根据新政，首套房借款人最高可贷7成，首付3成，公积金贷款最低首付可至2成，但二套房最高借款人仅能贷6-2成，首付要4-8成。具体的贷款额度，跟各个城市的限制政策有关。
3、贷款难度。当然，二套房贷款的贷款难度会比首套房贷款难度大很多，尤其是在遇到资金比较紧张的时候，二套房贷款往往很难申请到。
法律依据：
《关于规范商业性个人住房贷款中第二套住房认定标准的通知》第三条
有下列情形之一的，贷款人应对借款人执行第二套（及以上）差别化住房信贷政策：
（一）借款人首次申请利用贷款购买住房，如在拟购房所在地房屋登记信息系统（含预售合同登记备案系统，下同）中其家庭已登记有一套（及以上）成套住房的；
（二）借款人已利用贷款购买过一套（及以上）住房，又申请贷款购买住房的；
（三）贷款人通过查询征信记录、面测、面谈（必要时居访）等形式的尽责调查，确信借款人家庭已有一套（及以上）住房的。