一、预售时的差异：首先是预缴（征）计税依据的差异。其次是预缴（征）范围的差异。最后是预缴（征）率的差异。
二、交房时的差异：预缴增值税的房地产应按适用税率或征收率计算当期应纳税额，抵减已预缴税款后申报纳税，此时计算当期应纳税额的计税依据与预缴增值税的预缴计税依据是一致的。营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。也就是说要对土地增值税预征收入进行调整或进行负数申报。
三、清算后的差异：土地增值税实行先预征后清算的制度，清算后预缴增值税与预征土地增值税的差异主要有两方面：第一，“多退少补”规定不同。第二，预缴（征）截止期限不同。
法律依据:
《增值税暂行条例》第一条
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》