如果购房时签订的阴阳合同被认定为无效，房产公司是要承担责任的。
所谓“阴阳合同”，是指房屋买卖双方签订一虚一实两份合同，以达到逃避税费，或骗取贷款等目的。但是，阴阳合同时隐藏着严重的法律风险的，根据《中华人民共和国合同法》规定，“恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;以合法形式掩盖非法目的”，在此情形下，阴合同因为其违法性，因此往往会被确认为无效，想逃避税款可能会导致官司缠身，或者承担违约金责任。
以逃避税费的目的签订“阴阳合同”的行为一旦被税务机关查出，则不仅会被追缴税款，还可能被处以罚款。《偷税案件行政处罚标准》第五条第三款规定，账外经营或者利用虚假合同、协议隐瞒应税收入、项目的处以偷税数额1倍以上3倍以下的罚款。在《刑法》中，第二百零一条规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第二百零一条
纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。