参保户将报销所需资料备齐后交村(社区)合作医疗联络员由村(社区)合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。
新型农村合作医疗报账指南住院报账程序：
医院直接报账：因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。
镇新型农村合作医疗办公室报账：报账材料由个人拿到新型农村合作医疗办公室，由镇农医办呈报县农医办报账之后，由镇农医办电话通知前来领取报销费用。
所需材料：出院证、正式发票、费用清单、户口本、身份证、农村合作医疗证。外地住院，还需备齐：住院小结、住院首次病程记录、出院记录。区外住院，还需备齐：入院记录、出院记录。
法律依据:
《社会保险法》

第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。 新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。

第二十六条职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。

第二十七条参加职工基本医疗保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇；未达到国家规定年限的，可以缴费至国家规定年限。

第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。 社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
《工伤保险经办业务管理规程（试行）》第十七条