对于在审查中发现的“问题证据”到底是非法证据还是瑕疵证据，可从以下五个方面进行判断和区分。
1、侵犯的法益不同
非法证据是以刑讯逼供、暴力、威胁以及冻饿晒烤等精神折磨的方式为手段，通过直接侵犯公民宪法性基本权利特别是人身权而获得的。
2、证据的真实性不同
非法证据由于是侦查人员使用肉刑或变相肉刑等方法，迫使被讯(询)问人在肉体或精神上遭受疼痛或痛苦、恐惧等情况下作出的供述，严重剥夺了其陈述的自愿性，极有可能是背离案件事实真相的虚假供述。
3、违法程度不同
非法证据强调的是取证方法的非法性，主要表现为以刑讯逼供、体罚虐待等法律明令禁止的方法，以严重侵犯公民基本权利的方式去获取证据。
4、法律后果不同
非法证据侵犯公民基本权利，严重违背司法理念，违反刑事诉讼法基本原则，其造成的后果无法通过事后补救得以修复，因而不具有可逆性和可补救性，不存在补正或合理解释的可能，其自始不具有证明能力，不能作为定案的根据，一经发现应当一律排除。
5、适用规则不同
非法证据适用强制排除规则，因其严重违背国家人权保障价值理念，容易导致冤假错案，严重损害司法公正，无论其内容是否真实可靠都必须绝对排除。
法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条
《非法证据排除规则》第一条
《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十八条
《刑事诉讼司法解释》第九十六条