分居两年可以协议离婚。首先协议离婚需满足双方自愿离婚且对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致。分居两年只是满足了因感情不和分居满二年这一法定的诉讼离婚情形但并不影响协议离婚。其次协议离婚的流程如下:1. 双方就离婚、子女抚养、财产及债务等问题达成一致书面协议。2. 共同到一方常住户口所在地的婚姻登记机关提出申请并提交相关证件和证明材料如身份证、结婚证、离婚协议书等。3. 婚姻登记机关对当事人提交的证件和证明材料进行审查。4. 审查通过后经过离婚冷静期(一般为三十天)。5. 冷静期届满后双方再次共同到婚姻登记机关申请发给离婚证经审查符合条件的发给离婚证。总之即使分居两年只要双方能就离婚相关事宜协商好按照协议离婚的程序办理是可以顺利离婚的。
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