在司法实践中，确定预期利益损失的赔偿额一般可采用如下方式：
1、对比法。
也称比照法，是指人民法院采用类推或类比的方法，比照与受害人相同或相似的其他同类单位在同期内所获得的收益，作为实际应当赔偿受害人的预期利益损失。采用这种方法，首先应当确定参照对象，即比照对象。确定参照对象，应当注意与受害人之间的条件要基本相同，两者之间相同或相类似条件越多，对比也就越合理，准确程度也就越高，其次要确定比照对象在受害人受损害期间所取得的收益额。如果以受害人自身作为比照对象，则要以受害人在损失发生前较长时间内的平均收益(如利润率)为标准。
2、估算法。
也称估计赔偿法，是指人民法院在缺乏可比对象而难以准确确定受害人实际存在的预期利益损失的情况下，根据案件的具体情况，责令行为人支付一个大致相当的赔偿数额。
3、约定法。
是指人民法院根据当事人约定的或协商确定的损害赔偿范围或损失赔偿额的计算方法来确定行为人的赔偿责任。这种方法广泛适用于违约造成的预期利益损失赔偿，当事人约定或协商确定赔偿范围或损失赔偿额的计算方法，既可以在合同中事先订明，也可以在发生争议后协商确定。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第一百零七条
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。