一般情况下，合同纠纷大多数情况下属于民事纠纷，不涉及刑事犯罪，但是对于一些合同纠纷如果涉及到了刑事犯罪的情况就需要进行另行处理。根据关于审理经济合同纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的有关规定，如果法院在审理合同纠纷案件时，发现该案件可能涉嫌刑事犯罪，且该刑事犯罪案件所确认的事实将直接影响到民事合同纠纷案件的性质、效力、责任承担的，法院应裁定中止审理，然后将犯罪线索移送有关公安机关或检察机关，等待刑事程序终结后再恢复审理。
还有一种情况是公安机关或检察机关认为法院正在审理的案件有经济犯罪嫌疑的，并说明理由附有关材料函告法院的，法院经审查认为确有犯罪嫌疑的，法院应当裁定驳回起诉，并将有关材料移送公安机关或检察机关。但根据民事法律规定判断，当事人之间构成民事法律关系，且不影响民事案件审理的，民事案件可继续审理。
法律依据：
《关于审理经济合同纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题》第十条
人民法院在审理经济纠纷案件中，发现与本案有牵连，但与本案不是同一法律关系的经济犯罪嫌疑线索、材料，应将犯罪嫌疑线索、材料移送有关公安机关或检察机关查处，经济纠纷案件继续审理。
《关于审理经济合同纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题》 第十一条
人民法院作为经济纠纷受理的案件，经审理认为不属经济纠纷案件而有经济犯罪嫌疑的，应当裁定驳回起诉，将有关材料移送公安机关或检察机关。