我国《土地管理法》中对房屋用地纠纷的解决办法，主要有三种：
1、协商解决。《土地管理法》第16条第1款规定：“土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。。”据此规定，公民之间发生的房屋用地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。
2、行政解决。《土地管理法》第16条第2款规定：“单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。。”该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。
3、司法解决。《土地管理法》第16条第3款规定：“当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。”这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，只有按照《土地管理法》第16条和第53条的规定，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。
4、房屋用地纠纷还可以通过人民调解来解决。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。