一般因为“阴阳合同”中的“阳合同”因不体现当事人的真实意思而不发生效力，而“阴合同”是当事人的真实意思表示而认定为有效合同，“阴合同”只要内容合法，同样受到法律保护。但是，如果利用“阴阳合同”实施违法行为，或者以合法的形式掩盖违法的目的，则不仅伪装的“阳合同”无效，被伪装的“阴合同”也因内容违法而无效。因此，对使用"阴阳合同"要慎之又慎。
实践中，如果双方签订“阴阳合同”的行为严重违反了中国税收管理规定，有关部门查实后，如果属于一般偷税行为，行政机关有权予以罚款、拘留等行政处罚；如果偷税数额较大、次数较多，则可能构成犯罪。
因此“阴阳合同”是否有效本质上取决于合同内容是否有符合合同法规定的合同无效的几种情形，如果合同内容违反《刑法》相关规定，当事人还将受到相应的刑事处罚。
法律依据：
《合同法》第五十二条
有下列情形之一的，合同无效：（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定。
第五十三条 合同中的下列免责条款无效：
（一）造成对方人身伤害的； （二）因故意或者重大过失造成对方财产损失的。