在实践过程中，由于阴阳合同在相当长的时间里都是一种客观现象，并且短期内也不可能完全消除，因此，法院在审判过程中也会根据阴阳合同纠纷的具体情况来给予不同的认定：
在因“阴阳合同”价格不一而产生争议的情况下，原则上以时间在后的合同价为准。除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。但是要特别注意，这个举证责任是由提出异议方来承担的，也就是说，谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。但是在阴阳合同的条件下，并不能这样简单判断。很多真实价格的阴合同是签订在前，用于备案的阳合同是签署在后。以哪份的效力为准，要看哪份能体现双方的真实意思表示。首先看双方发生争议后对哪份合同有效的主张，如果双方对此主张一致自然没有争议。如果双方对以哪份合同为准有争议，就要看具体合同内容判断了。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第五十二条
有下列情形之一的，合同无效：
(一) 一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;
(二) 恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益;
(三) 以合法形式掩盖非法目的;
(四) 损害社会公共利益;
(五) 违反法律、行政法规的强制性规定。