两者的区别主要表现在：
1、产生的依据不同。房屋的共同共有根据共同关系产生，以某种共同关系的存在作为发生的必要条例。例如，以夫妻关系存在为必要条件，以家庭关系存在为必要条件，以合伙关系存在为必要条件。而按份共有则不需要这个前提条件，只需要共有人的共同意志而发生。
2、享有权利的范围不同。在共同共有中，共有的房屋是不分份额的，共有人对共有的房屋平等地享有权利并承担义务，只要有共同关系存在，就不能划分各共有人的房产份额。只有在共同共有关系终止时，才可以对共有房产进行分额，确定自己的份额。例如，夫妻关系存续期间共同购买的一套四房两厅商品房，就不能划分哪间房是丈夫的，哪间房是妻子的。假如夫妻离婚，即可依法进行分割。而按份共有，是按照各自的份额享有权利并承担义务的。
3、对共有房屋的处分方式不同。在按份共有中各共有权人可以自由处分共有房产中属于自己的份额，而无需征得其他共有人的同意，其他共有人只能在同等条件下享有优先购买权。而共同共有的房屋，共有人要对共有房产进行处分时，必须取得全体共有人的同意或者占份额三分之二以上的人同意，否则，部分共有人擅自处分的共有房产，一般情况下都认定为无效。
法律依据：
《民法通则》第78条第3款
按份共有财产的每个共有人有权要求将自己的份额分出或者转让。但在出售时，其他共有人在同等条件下，有优先购买的权利。