集资房能否转让，主要看它的产权归属成分，两种情况：
第一、产权全部是单位员工个人的集资房
对于产权全部是单位员工个人的情况，因为产权属于员工个人即转让人，即使单位内部规定，员工不得转让，但是该规定系单位内部规定，对第三人不具有约束力，并且建设部1999年5月1日施行管理暂行办法第五条有规定，已取得合法产权证书的已购公有住房和经济适用住房可以上市出售。因此此种情况下该协议没有违反相关的法律规定，即应认定转让有效。如果一方违反约定，不履行转让协议，另一方可按协议的约定，要求其承担相应的责任。
第二种情况是，产权部分是单位，部分是员工个人的集资房，对于这种情况下，因为集资房是单位与个人共有，一方未经其他共有人同意不得擅自处分共有物，依据《物权法》规定的不动产登记主义，集资房登记有共有人的情况，第三人在购买集资房时是可以知道单位是共有人的，因此不适用善意取得，再者，购买人未经共有人的同意，也不能实现产权过户。因此，对于单位员工与第三人签订的集资房转让协议可能被认定为无效。
法律依据：
《经济适用住房管理办法》第三十四条
距离城区较远的独立工矿企业和住房困难户较多的企业，在符合土地利用总体规划、城市规划、住房建设规划的前提下，经市、县人民政府批准，可以利用单位自用土地进行集资合作建房。参加单位集资合作建房的对象，必须限定在本单位符合市、县人民政府规定的低收入住房困难家庭。
第三十六条
任何单位不得利用新征用或新购买土地组织集资合作建房；各级国家机关一律不得搞单位集资合作建房。单位集资合作建房不得向不符合经济适用住房供应条件的家庭出售。
第三十七条
单位集资合作建房在满足本单位低收入住房困难家庭购买后，房源仍有少量剩余的，由市、县人民政府统一组织向符合经济适用住房购房条件的家庭出售，或由市、县人民政府以成本价收购后用作廉租住房。