如果在签订合同过程中发现合同中存在瑕疵，针对瑕疵问题可以由双方当事人协议补充。根据合同自由原则，当事人有决定合同内容的自由。《合同法》第六十一条规定：合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。按照合同有关条款或者交易习惯确定。在当事人对合同其他内容达不成协议时就要由法官推定当事人的意图进行补充，并且应按照一定的规则来确定合同的其他内容，即按照合同有关条款或交易习惯确定。如果当事人双方仍然就合同瑕疵无法达成一致意见，建议大家在遇到该类纠纷后积极搜集履行合同过程中的证据并固定证据，为后期起诉至法院解决纠纷做准备。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第六十一条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。