合同纠纷的处理方式有以下几种：
1.当事人应本着“互谅、互让”的精神，自愿协商解决。这种解决纠纷的方式，无须任何第三人介入，既有利于及时解决纠纷又有利于双方当事人的团结，有利于维护企业间长期建立起来的协作关系。因此，纠纷发生后，当事人应把“协商”作为解决纠纷的首选途径。
2.第三人居中调解。合同发生纠纷，当事人可以请协议条款约定的单位或人员居中进行调解。这种调解不同于仲裁程序和诉讼程序中以调解方式结案的调解。
3.向仲裁委员会申请仲裁。合同的双方当事人如果不愿意协商、调解或协商、调解不成的，可以仲裁或诉讼。
4.向人民法院起诉。合同发生纠纷后，当事人自行协商、调解不成的，合同中又没有仲裁条款，事后又没达成仲裁协议的，则可以向人民法院起诉。我国《民事诉讼法》规定，工程承包合同由工程所在地人民法院管辖。人民法院收到起诉状，经审查，认为符合起诉条件的，依法组成合议庭进行审理。仲裁和诉讼这两种途径，当事人只能选择其一。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第一百二十八条
当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。
当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书;拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。