自动离职用人单位会不会解除劳动合同要看情况，
1、依据《劳动法》第九十九条规定，“用人单位招用尚未解除劳动合同的劳动者， 对原用人单位造成经济损失的，该用人单位应当依法承担连带赔偿责任。”《劳动合同法》第九十条规定，“　劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。”自动离职给用人单位造成经济损失，如果用人单位要追究劳动者的责任或者赔偿损失，用人单位就不会解除劳动合同;如果此时就任新单位，原用人单位还可以追究新单位的连带责任。
2、当然自动离职，在法律上解除劳动合同还是可以的。按照用人单位内部管理制度规定，连续旷工三天或者5天按自离处理，用人单位就此解除劳动合同。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法合同法》第九十条
劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。