合同纠纷提起诉讼时，公司败诉的，对公司是有影响的，公司需要按法院判决书的要求执行判决。不履行判决书，不及时履行判决书，都将进入司法黑名单，影响征信。
诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。共同诉讼当事人败诉的，法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
《中华人民共和国民事诉讼法》规定，发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。
调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十六条
发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。