法院是可以做已经进行抵押的房产进行确权，我们在这个时候需要办理房产初始登记，在我们的生活中如果这个房子可以办理房产证的话，一般都可以办理确权。
但在以下几种情形下，当事人不能提起确权之诉：
1.房屋买卖合同签订后，出卖人拒绝办理房产过户手续，买受人不能提起确权之诉。
根据法律规定，买受人提起房屋确权之诉，要求确认房屋归其所有的，法院应当行使释明权，告知其应当变更诉讼请求要求出卖人办理所有权转移登记，买受人坚持不变更的，对其诉讼请求，不予支持。
2.房产被法院查封后，当事人不能提起确权之诉。
此种情形应中止审理，但如果请求确权的财产被处置的，应对撤销待确权案件。另外，对于不服执行异议裁定，不宜允许当事人另案确权。案外人在执行机构已查封、扣押、冻结后提起确权之诉的，非执行法院应不予受理，已经受理的应中止或撤销。
3.对于诉讼中，尚未取得房屋产权证书的，有碍判决房屋所有权归属，例如离婚案件中，法律明确规定，对尚未取得房产的证书的婚内共有房产不宜判决房屋所有权的归属。
法律依据：
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十七条
收藏人民法院查封、扣押被执行人设定最高额抵押权的抵押物的，应当通知抵押权人。抵押权人受抵押担保的债权数额自收到人民法院通知时起不再增加。
人民法院虽然没有通知抵押权人，但有证据证明抵押权人知道查封、扣押事实的，受抵押担保的债权数额从其知道该事实时起不再增加。