合同专用章没有备案是不可以用的。合同专用章，单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务;公章可以代替合同专用章使用。
合同专用章和公章是有区别的。公章是指机关、团体、企事业单位使用的印章。 由于公安部对办理刻制印章的手续未作统一规定，所以各地公安机关对刻制印章手续的规定有所不同。根据刻制印章的种类不同，手续也不一样。
合同专用章是指合同当事人经过协商，在达成的书面合同上各自加盖本公司的合同专用印章的行为。合同专用章为了日常经营的需要，公章不能随便使用，就有了合同专用章，是专门签署合同使用的，不能用在其他地方。
关于合同专用章和公章的效力高下，实际上在使用过程中和司法实践中是一样的，对合同和协议而言具有同等法律效力。《合同法》第三十二条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。
法律依据：
《中华人民共和国合同法》第三十二条
当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。