商铺出租转让纠纷有两种情形，第一种是商铺的所有权人直接将商铺出租转让给承租人，这种情况比较简单，主要在签订租赁合同时明确约定双方的权利义务以及违约责任，倘若发生纠纷，则根据合同约定进行协商或是向人民法院提起诉讼。第二种情形是商铺的承租人将商铺再次转让给次承租人，那么对于这种情况就比较复杂了，首先应当判断承租人转租该商铺有没有经得出租人的同意，如过未经得出租人同意的，出租人可以解除合同，这样对承租人和次承租人均可能造成较大的损失，但是出租人知道承租人转租后在六个月内没有提出异议的，视为其同意转租;其次，如果承租人转租租赁的商铺是经得出租人同意的，则次承租人和承租人应严格按照原租赁合同约定的权利义务和租赁期限进行转租。当然，发生纠纷的，也可以依据租赁合同及转租合同的约定进行协商和向人民法院提起诉讼。

法律依据：
《中华人民共和国合同法》 第二百二十四条
承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。承租人转租的，承租人与出租人之间的租赁合同继续有效，第三人对租赁物造成损失的，承租人应当赔偿损失。承租人未经出租人同意转租的，出租人可以解除合同。
《中华人民共和国合同法》 第二百二十五条
在租赁期间因占有、使用租赁物获得的收益，归承租人所有，但当事人另有约定的除外。
《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》 第十五条
承租人经出租人同意将租赁房屋转租给第三人时，转租期限超过承租人剩余租赁期限的，人民法院应当认定超过部分的约定无效。但出租人与承租人另有约定的除外。
《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》 第十六条
出租人知道或者应当知道承租人转租，但在六个月内未提出异议，其以承租人未经同意为由请求解除合同或者认定转租合同无效的，人民法院不予支持。