病假期间企业一般会扣除一定工资的。企业职工在医疗期内，其病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》(劳动部发[1995]309号)第59条之规定，在医疗期内企业支付的病假工资标准不得低于最低工资标准的80%。通常可以按照日工资的80%执行。
法律依据:
《中华人民共和国劳动法》
劳动部劳部发[201415印发《实施〈劳动法〉中有关劳动合同问题的解答》的通知规定：企业中长期病休、放长假和提前退养的职工(注：固定工)，仍是企业职工，与用人单位保持着劳动关系，按照《劳动法》关于建立劳动关系应当订立劳动合同的规定，长期病休期间仍需凭病假建议书办理续假手续。单位劳动鉴定委员会(小组)或劳动人事部门，应定期对长期病休职工进行复查，复查间隔期限不应超过3个月。一般长期病假给予三个月到二十四个月的医疗期。
(一)实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月;五年以上的为六个月。
(二)实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月;五年以上十年以下的为九个月;十年以上十五年以下的为十二个月;十五年以上二十年以下的为十八个月;二十年以上的为二十四个月。
(三)医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算;六个月的按十二个月内累计病休时间计算;九个月的按十五个月内累计病休时间计算;十二个月的按十八个月内累计病休时间计算;十八个月的按二十四个月内累计病休时间计算;二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。
病假超过规定医疗期的，需重新评定岗位级别，医疗期后按照国家相关规定执行。病假期间员工工资的发放标准：连续医疗期间在6个月以内者本企业工龄不满2年者，为本人工资60%;已满2年不满4年者，为本人工资70%;已满4年不满6年者，为本人工资80%;已满6年不满8年者，为本人工资90%;已满8年及8年以上者，为本人工资100%。连续医疗期间超过6个月时，根据劳动保险条例第十三条乙款的规定，病伤假期工资停发，改由劳动保险基金项下，按月付给疾病或非因工负伤救济费，其标准如下：本企业工龄不满1年者，为本人工资40%;已满1年未满3年者，为本人工资50%;3年及3年以上者，为本人工资60%。