根据我国相关法律规定，出借人向人民法院起诉时，应当提供借据、收据、欠条等债权凭证以及其他能够证明借贷法律关系存在的证据。原告仅依据金融机构的转账凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩转账系偿还双方之前借款或其他债务，被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的成立承担举证证明责任。被告抗辩借贷行为尚未实际发生并能作出合理说明，人民法院应当结合借贷金额、款项交付、当事人的经济能力、当地或者当事人之间的交易方式、交易习惯、当事人财产变动情况以及证人证言等事实和因素，综合判断查证借贷事实是否发生。因此借款合同丢失时，需要提供其他证据证明借贷关系。
法律依据:
《中华人民共和国合同法》
第二百一十条：自然人之间的借款合同，自贷款人提供借款时生效。
自然人之间的借款合同可以是有偿合同也可以是无偿合同。
第二百一十一条：自然人之间的借款合同对支付利息没有约定或者约定不明确的，视为不支付利息。自然人之间的借款合同约定支付利息的，借款的利率不得违反国家有关限制借款利率的规定。
自然人之间的借款合同为不要式合同，可以采用书面形式、也可以采用口头形式或其他形式。
《中华人民共和国合同法》
第一百九十七条：借款合同采用书面形式，但自然人之间借款另有约定的除外。中华人民共和国民法通则》(1986年4月12日)
第八十五条 合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护。
《合同法》
第一百九十六条 【定义借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。
第一百九十七条 【合同形式及主要条款借款合同采用书面形式，但自然人之间借款另有约定的除外。
借款合同的内容包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。
第一百九十八条 【合同的担保订立借款合同，贷款人可以要求借款人提供担保。担保依照《中华人民共和国担保法》的规定。