1、低保户可以的申请廉租房，二者互不冲突。低保是向当地民政部门申请，并需要当地村委会、居委会开具相应的证明。而申请廉租房保障的家庭由户主持相关证件和证明材料向户籍所在地的社区居委会提出书面申请，并携带相关资料，经过初审-公示-审核-然后进行请廉房配租。一般情况存在实物配租与租金补贴两种方式，符合条件的可以申请实物配租与租金补贴。
2、现在有些地方农村低保户尚不能申请廉租房，仅是城镇的低保户可以申请。不过要满足一定的条件，如已经向民政部门连续六个月以上，还有比如家庭成员具有本市非农业常住户口，另外还有一个条件就是家庭人数为两个人或者两个人以上，家庭成员之间有法定的赡养、扶养或者抚养关系的，如果这些条件都符合的，就可以去申请廉租房。详情建议咨询当地相关部门。
法律依据:
《廉租住房保障办法》
第十六条申请廉租住房保障，应当提供下列材料：（一）家庭收入情况的证明材料；（二）家庭住房状况的证明材料；（三）家庭成员身份证和户口簿；（四）市、县人民政府规定的其他证明材料。
第十七条申请廉租住房保障，按照下列程序办理：（一）申请廉租住房保障的家庭，应当由户主向户口所在地街道办事处或者镇人民政府提出书面申请；（二）街道办事处或者镇人民政府应当自受理申请之日起30日内，就申请人的家庭收入、家庭住房状况是否符合规定条件进行审核，提出初审意见并张榜公布，将初审意见和申请材料一并报送市（区）、县人民政府建设（住房保障）主管部门；（三）建设（住房保障）主管部门应当自收到申请材料之日起15日内，就申请人的家庭住房状况是否符合规定条件提出审核意见，并将符合条件的申请人的申请材料转同级民政部门；（四）民政部门应当自收到申请材料之日起15日内，就申请人的家庭收入是否符合规定条件提出审核意见，并反馈同级建设（住房保障）主管部门；（五）经审核，家庭收入、家庭住房状况符合规定条件的，由建设（住房保障）主管部门予以公示，公示期限为15日；对经公示无异议或者异议不成立的，作为廉租住房保障对象予以登记，书面通知申请人，并向社会公开登记结果。经审核，不符合规定条件的，建设（住房保障）主管部门应当书面通知申请人，说明理由。申请人对审核结果有异议的，可以向建设（住房保障）主管部门申诉。