第一，主体不同。在间接代理合同中，法律对代理人的主体资格没有特别的限制规定，只要是具有相应的民事行为能力的人，即可以成为代理人。而在行纪合同中，行纪人的主体资格受到限制，根据法律规定，只有经批准有权从事行纪业务的自然人、法人或相关组织才可以成为行纪人。
第二，是否可以行使介入权、选择权不同。在间接代理中，如果第三人在订立合同时知道受托人与委托人之间的代理关系，则合同直接约束受托人和第三人。而如果第三人在订立合同时不知道委托人与受托人之间的代理关系，根据法律规定，如果受托人因第三人的原因对委托人不履行义务，受托人应当向委托人披露第三人，委托人此时可以行使介入权，主张受托人对第三人的权利。
第三，定性不同。行纪合同是有偿的，行纪人都是专门从事行纪业务的经纪人，其所从事的业务一般仅为商事活动。而在间接代理中，代理人没有主体资格的限制，其代理的范围不仅包括商事或外贸代理，而且包括一般的民事活动，既可能是有偿的也可能是无偿的。
法律依据:
1、《民诉法》第五十八条第二款规定，下列人员可以被委托为诉讼代理人：(一)律师;(二)基层法律服务工作者;(三)当事人的近亲属或者工作人员;(四)当事人所在社区、单位以及有关社会团体推荐的公民。

2、《民法总则》第一百六十一条民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。依照法律规定、当事人约定或者民事法律行为的性质，应当由本人亲自实施的民事法律行为，不得代理；第一百六十二条代理人在代理权限内，以被代理人名义实施的民事法律行为，对被代理人发生效力；第一百六十三条代理包括委托代理和法定代理。委托代理人按照被代理人的委托行使代理权。法定代理人依照法律的规定行使代理权；第一百六十四条代理人不履行或者不完全履行职责，造成被代理人损害的，应当承担民事责任。代理人和相对人恶意串通，损害被代理人合法权益的，代理人和相对人应当承担连带责任。