运输合同纠纷较一般合同纠纷复杂，它涉及到承运人是否正确履行合同、是否造成货物毁损、是否按时运到，收货人是否履行收货义务等。从便利审判与诉讼以及存在实际联系的角度出发，运输合同纠纷由运输始发地、目的地或被告住所地法院管辖是适宜的。目的地是指客、货运输的最终到达地。
运输合同可能是单一的运输工具来完成，比如由路上运输或者水上运输或者空中运输单独完成，也有可能采取的是多种运输工具联合运输，路上运输还存在公路运输和铁路运输之分。
采用不同的运输工具，就可能形成是由普通法院管辖还是由专门法院管辖的问题。实践中处理这一问题的基本原则是：
(1)如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖;
(2)如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖;
(3)在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这种情况下，可以由当事人选择法院管辖。
法律依据:
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的解释》第十八条
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条
《中华人民共和国仲裁法》第2条：平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《中华人民共和国仲裁法》第4条：当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
《中华人民共和国仲裁法》第5条：当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。