1、发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
2、当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=(年终奖-(5000-月工资))*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-(5000-月工资)除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》第二条，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得；
(二)劳务报酬所得；
(三)稿酬所得；
(四)特许权使用费所得；
(五)经营所得；
(六)利息、股息、红利所得；
(七)财产租赁所得；
(八)财产转让所得；
(九)偶然所得。