结婚证丢了仍可协议离婚。首先,可先去原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领结婚证。根据《婚姻登记条例》第十七条规定,结婚证、离婚证遗失或者损毁的,当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对当事人的婚姻登记档案进行查证,确认属实的,应当为当事人补发结婚证、离婚证。补领结婚证后,双方就离婚事宜协商一致,签订书面离婚协议,并携带离婚协议书、结婚证、身份证等材料,共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。经审查符合离婚条件的,予以登记,发给离婚证。
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