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刑法中非法行医罪的立案标准如下：1. 未取得医生执业资格的人非法行医，造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的，应当立案追诉。例如，无医师资格的人擅自开展手术，致使患者身体出现上述严重后果。2. 非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的，予以立案。这体现了对屡教不改非法行医行为的打击。3. 造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的，应立案。比如未按规定处理传染病患者，导致传染病传播风险。4. 使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的，予以立案。像使用三无医疗器械进行治疗。5. 非法行医行为系造成就诊人死亡、重度残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍的直接、主要原因的，要立案。6. 虽未造成上述严重后果，但非法行医情节严重的，也会立案。比如长期在隐蔽场所非法行医，扰乱医疗秩序等。
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