医疗纠纷的协议的书写应当包括以下内容：
1、双方当事人的基本情况及要求。包括当事人姓名、性别、年龄、住址、身份证号码、简要的治疗经过、陈述的主要意见、理由、申请鉴定时间等，医疗机构要载明医疗机构名称、地址、《医疗机构许可证》代码，医务人员要载明专业、专业技术任职资格、合法执业资格证书代码。
2、双方当事人协商的结果。调解结果至于固定下来才有约束力，对当事人同意的调解结果一定要写进调解协议书中。
3、对双方当事人的效力。
4、尾部。包括双方当事人及调节机构的签章以及日期等。
法律依据：
《医疗事故处理条例》
第四十三条，医疗事故争议由双方当事人自行协商解决的，医疗机构应当自协商解决之日起7日内向所在地卫生行政部门作出书面报告，并附具协议书。
第四十六条，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十七条，双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。