对于运费支付的纠纷，当事人可以协商解决，协商无法解决的，可以依法向人民法院起诉，请求人民法院依法判决当事人按约定及相关法律规定支付运费，如对方拒不支付运费，还可以向法院申请强制执行。
拖欠运费诉讼程序如下：
1、起诉，即向有管辖权的法院立案庭递交诉状。
2、立案审查
3、排期开庭，提前3日通知当事人开庭时间、地点、承办人;公开审理的案件提前3日进行公告。
4、开庭审理
(1)法庭调查：当事人陈述案件事实。
(2)举证质证：告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言，出示书证、物证和视听资料;双方当事人就证据材料发表意见。
(3)法庭辩论：各方当事人就有争议的事实和法律问题，进行辩驳和论证。
(4)法庭调解：在法庭主持下，双方当事人协议解决纠纷。
5、宣判
同意判决，当事人自动履行裁判文书确定的义务或提出执行申请;不同意裁判，需要分情形区分对待：
裁定：送达之日起10日内向上级人民法院提出上诉;
判决：送达之日起15日内向上级人民法院提出上诉。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》第三条
人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。