1、证件不齐全，确权证据链脱节。
2、证件虚假。如伪证件的，有仅提交复印件而未经与原件校验的，有出证单位失误以致与事实不相符的。
3、证件无效。如证件经涂改的(包括合同涂改经单方认可的)证件失去时间效力的;证件尚未发生效力的(法院初审裁判后上诉的一审裁判书属此类)，产权代理人违背产权人意志的登记申报证件;违反法定优先原则的产权转移证件(如遗嘱继承优先于法定继承。侵犯优先购买权的买卖合同属于此类);其他违反道德规范、损害社会公共利益、扰乱社会经济秩序的证件;法律法规禁止的其他情形。
4、登记行为本身无效。如给担保法禁止的财产设定抵押权;核验不清、马虎审理造成错误的。
5、权证制作不规范。填制不清楚，乃至误制、重制。
6、收费违反标准，随意多收或少收。
7、产权审核自由裁量权行使过程中的其他不当行为。
法律依据：
《房屋登记办法》第二十二条
有下列情形之一的，房屋登记机构应当不予登记：
（一）未依法取得规划许可、施工许可或者未按照规划许可的面积等内容建造的建筑申请登记的；
（二）申请人不能提供合法、有效的权利来源证明文件或者申请登记的房屋权利与权利来源证明文件不一致的；
（三）申请登记事项与房屋登记簿记载冲突的；
（四）申请登记房屋不能特定或者不具有独立利用价值的；
（五）房屋已被依法征收、没收，原权利人申请登记的；
（六）房屋被依法查封期间，权利人申请登记的；
（七）法律、法规和本办法规定的其他不予登记的情形。